Dopo Campoformio con l’Austria le cose erano sistemate, solo l’Inghilterra continuava ancora a battersi contro la Repubblica francese. Siccome la flotta inglese era più forte –invece di assalirla dal mare- Napoleone propose di conquistare l’Egitto e di creare in oriente delle basi per minacciare il dominio inglese in India, dirottando per la via del Mar Rosso il commercio dell’oceano indiano. Inoltre già da un pezzo la diplomazia francese mirava a questi ricchi paesi così debolmente protetti dalla Turchia a cui appartenevano.
Bonaparte aveva inoltre l’appoggio del ministro degli affari esteri Talleyrand, il quale vedeva i vantaggi economici di questa campagna e voleva ingraziarsi Napoleone nel quale aveva intravisto il futuro padrone del popolo francese. Bonaparte e Talleyrand non dovettero faticare molto a convincere il Direttorio, poiché anch’esso vedeva l’utilità e il significato di questa conquista e vedeva di buon occhio un allontanamento di Napoleone che, dopo la popolarità che aveva raggiunto, faceva un po’ quello che voleva (ad esempio nella pace di Campoformio non aveva tenuto alcun conto del Direttorio).

Il 5 marzo 1798 Napoleone cominciò i preparativi per la spedizione seguendo attentamente la politica mondiale e i movimenti della squadra di Nelson che era vicino alle coste francesi e che avrebbe potuto colarlo a picco durante la traversata. Tutta l’Europa sapeva che si preparava qualche spedizione con a capo Bonaparte, ma non sapeva dove si sarebbe diretta. Napoleone diffuse la notizia che voleva oltrepassare Gibilterra e sbarcare in Irlanda. Questa voce ingannò Nelson che aspettò Bonaparte presso Gibilterra mentre la flotta francese puntava verso Malta, che gli si arrese e venne dichiarata possedimento della Repubblica francese. Alcuni giorni dopo salpò per l’Egitto e il 30 giugno sbarcò nelle vicinanze di Alessandria. Intanto Nelson, saputo della presa di Malta, si recò a vele spiegate  in Egitto, vi arrivò 48 ore prima dei francesi e non trovandovi Bonaparte, credette che egli fosse andato a Costantinopoli e vi si recò. Questa catena di errori di Nelson salvò la spedizione francese. Intanto Bonaparte fece avanzare l’esrcito su Alessandria. L’Egitto era considerato un possedimento del sultano turco, ma di fatto vi dominava lo strato dirigente della ben armata cavalleria feudale dei mammelucchi e i loro capi i bey-mammelucchi; questa aristocrazia militare-feudale pagava un tributo al sultano di Costantinopoli, ma dipendeva pochissimo da lui. Il resto della popolazione era composto dai commercianti arabi e dai copti, braccianti in stato di indigenza. Napoleone sosteneva di esser venuto in Egitto per liberare gli arabi dall’oppressione dei bey-mammelucchi, ma, presa Alessandria dopo alcune ore di fucileria, cominciò subito a crearvi i presupposti di una durevole dominazione francese e alla popolazione, che aveva "liberata"  impose completa sottomissione. Alcuni giorni dopo s’incamminò verso sud inoltrandosi nel deserto. I mammelucchi si ritiravano sfuggendo all’inseguimento. Finalmente il 20 luglio 1798 presso le piramidi Bonaparte si imbatté nelle principali forze dei mammelucchi, che furono sconfitte. Subito dopo questa vittoria Bonaparte entrò al Cairo, dove la popolazione impaurita lo accolse in silenzio; essa ignorava chi fosse Bonaparte e neanche dopo l’occupazione poté capire chi era, perché era venuto e a chi faceva la guerra.

Insidiatosi al Cairo Bonaparte organizzò l’amministrazione: il potere in ogni città e villaggio era accentrato nelle mani di un comandante francese, che era assistito da un "divano" consultivo, composto dai cittadini più ricchi, da lui nominati; inoltre al Cairo, presso il comandante supremo dell’esercito francese, c’era un grande organo consultivo, composto dai rappresentanti della città del Cairo e delle provincie. I capi locali dovevano organizzare per mezzo degli organi consultivi un ordinamento di polizia e difendere il commercio e la proprietà privata. La religione musulmana godeva del massimo rispetto e le moschee e il clero erano inviolabili. Napoleone abolì le imposte fondiarie dovute ai bey-mammelucchi sostituendole con delle tasse che servivano a mantenere l’esercito francese. Bonaparte tendeva così a sopprimere i rapporti feudali appoggiandosi alla borghesia commerciale araba e ai proprietari terrieri, ciò doveva rafforzare la dittatura militare accentrata nelle sue mani, che assicurava l’ordine borghese che egli stava creando.

Dopo aver organizzato il nuovo regime politico, Bonaparte si preparò per l’invasione della Siria, lasciando in Egitto gli scienziati che aveva condotto dalla Francia, che furono di enorme importanza per la storia dell’egittologia.  Nel frattempo Nelson aveva scoperto la squadra francese alla fonda di Abukir e l’aveva completamente distrutta, in tal modo l’esercito che operava in Egitto si trovava tagliato dalla Francia. A questo punto anche la Turchia si mosse e mandò un esercito in Siria contro Napoleone, Bonaparte gli andò incontro, ma gli era necessario procedere con spietatezza in Egitto per avere sicure le retrovie durante la nuova campagna. A cominciare da El-Arisch una città dopo l’altra si arrendeva a Bonaparte. Il 4 marzo 1798 attraversò il canale di Suez, si avviò verso Giaffa e l’assediò, ma la città non si arrese, allora l’assalì, la saccheggiò e sterminò tutti. Subito dopo queste stragi e dopo la fucilazione degli ultimi soldati turchi superstiti, Napoleone si avviò verso la fortezza di Acri e la assediò per due mesi senza successo. Gli inglesi infatti rifornivano dal mare questa guarnigione turca, così il 19 maggio Napoleone tolse l’inutile assedio e si preparò a tornare in Egitto. Intanto, oltre alla mancata conquista di Acri, vi furono rivolte nei villaggi siriani delle retrovie, tra El-Arisch e Acri, tutto ciò pose fine al suo sogno di affermare il proprio dominio in Siria. La marcia di ritorno sotto il sole cocente fu terribile e la peste dilagava nell’esercito, tuttavia Napoleone fece brevi fermate per punire spietatamente i villaggi siriani che riteneva necessario castigare. Il 14 giugno 1799 l’esercito francese rientrò al Cairo, intanto non lontano da Abukir era sbarcato un esercito turco, mandato per liberare l’Egitto dai francesi. Bonaparte lasciò quindi il Cairo e si diresse verso il delta del Nilo: il 25 giugno assalì l’esercito turco e lo distrusse. Napoleone era ormai privo di comunicazioni con la Francia da molti mesi, ma venne casualmente a sapere dai  giornali che, mentre egli conquistava l’Egitto, Austria, Inghilterra, Russia e Regno di Napoli avevano ricominciato la guerra contro la Francia e che Suvorof (generale russo) era venuto in Italia, aveva sconfitto i francesi, aveva abolito la Repubblica cisalpina e minacciava di invadere la Francia. Seppe inoltre che la Francia era in preda al banditismo e alla disorganizzazione e che il Direttorio, odiato dai più, era debole e smarrito. Napoleone trasmise allora il comando supremo dell’esercito al generale Kleber e il 23 agosto 1799 partì per la Francia, lasciando a Kleber un esercito ben provvisto, un apparato amministrativo e fiscale funzionante, che egli stesso aveva creato e una popolazione ridotta alla miseria, muta, timorosa e sottomessa nel vastissimo paese conquistato.