L’esercito austriaco con a capo Melas (non più Suvòrof perché la Russia non partecipava più alla coalizione) aspettava Bonaparte nei pressi di Genova, pensando che l’esercito francese passasse di lì, ma Napoleone arrivò di sorpresa dal passo del Gran San Bernardo alle spalle degli Austriaci, puntò direttamente su Milano e vi entrò il 2 giugno; subito dopo occupò Pavia, Cremona, Piacenza, Brescia e altre città respingendo gli Austriaci. Melas intanto aveva assediato e tolto Genova ai Francesi, ma quando si accorse che Napoleone giungeva da nord gli andò incontro e il 14 giugno 1800 avvenne l’urto delle principali forze dei due avversari presso Marengo. Gli Austriaci erano in numero molto maggiore e per i Francesi la battaglia sembrava ormai persa, quando, grazie al sopraggiungere di una nuova divisione dell’esercito francese, i nemici furono completamente sbaragliati. L’Italia era quindi di nuovo  nelle mani di Bonaparte.
 

In tutta la Francia si esultò per la vittoria di questa guerra poiché da essa dipendeva il futuro delle conquiste rivoluzionarie. Se Napoleone avesse perso sarebbero tornati i Borboni, ma Bonaparte vinse così la "repubblica" consolare era salva e con lei molto di quanto aveva fatto la rivoluzione. Subito dopo Napoleone dovette però far fronte alle lotte interne contro i giacobini e i realisti. Dopo Marengo il primo console riteneva che i nemici più pericolosi fossero i giacobini, ma si sbagliava; infatti i realisti, dopo l’aperto rifiuto di Bonaparte di restaurare i Borboni, decisero di ucciderlo. Napoleone riuscì a sfuggire all’attentato e, pensando che fossero stati i giacobini, ne arrestò e mandò in esilio più di 130; ma nel mezzo di questo terrore antigiacobino furono arrestati anche alcuni realisti autori dell’attentato, che confessarono, così anche molti realisti fecero la stessa fine dei giacobini.
 
 
 
 
 

     David, Napoleone che valica il San Bernardo,
     1800, Malmaison, Musée National du Chateaux
 
 
Intanto l’8 febbraio 1801 era stata conclusa tra francesi e austriaci la pace di Luneville, dove Napoleone ottenne tutto ciò che voleva, cioè il Belgio, il Lussemburgo, i possedimenti tedeschi sulla riva sinistra del Reno, il riconoscimento della "Repubblica di Batavia" (Olanda), della "Repubblica elvetica" e delle repubbliche "Cisalpina" e "Ligure" di fatto possedimenti francesi, mentre il Piemonte rimase occupato dalle truppe francesi.
Ora la sola Inghilterra fra le grandi potenze rimaneva in stato di guerra con la Francia, Napoleone si propose dunque di fare la pace con gli inglesi al più presto possibile. Dal canto suo anche l’Inghilterra - sostenuta dal ceto mercantile legato al commercio europeo- vedendo che né il finanziamento delle coalizioni europee, né l’aiuto dei controrivoluzionari vandeani erano stati efficaci, desiderava la pace. La pace fu così sottoscritta ad Amiens il 26 marzo 1802. L’Inghilterra, in virtù di questo trattato, restituì alla Francia e ai suoi vassalli (Olanda e Spagna) tutte le colonie di cui si era impossessata tranne Ceylon e Trinidad e evacuò il Mediterraneo; la Francia dal canto suo restituì Malta all’ordine militare omonimo, evacuò l’Egitto e ritirò le truppe da Roma, restituendola al pontefice assieme agli altri possedimenti papali. Ma l’Inghilterra non era riuscita a strappare a Bonaparte neanche una delle sue conquiste in Europa. In tutti i paesi sotto il potere di Bonaparte (cioé il Belgio, l’Olanda, l’Italia, la riva sinistra del Reno e la Germania occidentale) il commercio dei prodotti britannici era proibito. La lunga guerra con l’Europa era così finita con una vittoria francese su tutti i fronti.

Dopo la pace di Amiens, in virtù di un plebiscito, Napoleone fu proclamato console a vita. Era chiaro che la Francia si era trasformata in una monarchia assoluta e che prima o poi il console sarebbe diventato o re o imperatore. Il diritto di proprietà era alla base del nuovo regime, infatti Napoleone, oltre ad abolire i diritti feudali della nobiltà, proclamò irrevocabile il diritto di proprietà delle terre acquistate o confiscate agli emigrati e alle chiese durante la rivoluzione. Nelle relazioni sociali il regime assicurava ai proprietari piena autorità sull’operaio, mentre questi era privato di qualsiasi diritto e possibilità di lotta contro lo sfruttamento. Inoltre il console diede a commercianti e industriali la sicurezza che il governo intendeva proteggere il mercato interno dalla concorrenza straniera. Napoleone era convinto che il regime da lui creato e la sua politica interna ed estera avrebbero convinto la borghesia e i contadini proprietari a rinunciare alla vita politica, alla legislazione e all’amministrazione e a giustificare il fatto che tutto il potere fosse nelle sue mani. Inoltre Napoleone amnistiò gli emigrati e nel luglio 1801 si riconciliò ufficialmente con la Chiesa cattolica con un concordato che sanciva l’abbandono della maggior parte delle posizioni conquistate dalla rivoluzione sulla Chiesa, a favore del libero pensiero, il clero sarebbe così stato utile per soffocare l’odiata ideologia illuministica e rivoluzionaria. Napoleone permetteva il libero esercizio del culto all’interno del paese, in cambio il papa si impegnava a non chiedere  la restituzione delle terre confiscate durante la rivoluzione. Napoleone nominava vescovi, arcivescovi e preti, le encicliche, le bolle e i decreti papali venivano ammessi in Francia solo dopo il permesso del governo. Il 12 agosto 1800 Napoleone costituì una commissione per l’elaborazione di un codice civile. Questo codice civile - in seguito chiamato "Codice napoleonico"- era l’espressione della vittoria della borghesia sul regime feudale e rendeva intangibile la proprietà borghese di fronte a qualsiasi attacco (dei feudatari o dei proletari). La donna fu posta in condizione di ineguaglianza giuridica di fronte al marito e in posizione di svantaggio in rapporto ai fratelli per l’eredità. Napoleone riprese dalla rivoluzione tutto ciò che era strettamente necessario per l’incontrastato svolgimento dell’attività economica della borghesia, spazzando via le aspirazioni democratiche della piccola borghesia. Dopo esser stato approvato da Tribunato, Consiglio di stato e Corpo legislativo, nel marzo 1804 il codice, firmato da Napoleone divenne legge. La borghesia ebbe ciò che desiderava, la rivoluzione borghese ebbe il suo frutto postumo. In seguito furono comprese nel codice anche le leggi con le quali Napoleone dominava la classe operaia. Non solo rimase in vigore la legge Le Chapelier del 1791, ma furono anche istituiti i "libretti di lavoro", senza i quali l’operaio non poteva esser assunto, il padrone inseriva in questo libretto l’attestato di lavoro e il motivo per cui era stato licanziato. si può quindi immaginare l’abuso di questa possibilità di privare l’operaio di un nuovo guadagno. Il codice civile fu completato dal codice di commercio che regolava e garantiva giuridicamente gli affari commerciali e dal codice penale, che istituì la pena di morte e alcune pene corporali,  che la rivoluzione aveva abolito; questa legislazione penale fu infatti un passo indietro rispetto alle leggi dell’epoca rivoluzionaria. Questa grandiosa attività legislativa non era ancora giunta a termine che, nel marzo 1803, ricominciò la guerra contro l’Inghilterra.