Dopo aver sterminato la sommossa controrivoluzionaria, Napoleone  insisteva sulla necessità di prevenire le azioni della coalizione antifrancese (di cui facevano parte Austria, Inghilterra, Russia, Regno di Sardegna, Regno delle due Siclie e alcuni stati tedeschi) con una guerra offensiva contro gli Austriaci e i loro alleati Italiani, invadendo l’Italia settentrionale. Il Direttorio invece voleva invadere i possedimenti austriaci passando dalla Germania e preparava per questa campagna le sue migliori truppe e i suoi più eminenti strateghi con a capo il generale Moreau. Tuttavia il Direttorio permise a Napoleone di attuare il suo piano, poiché ciò avrebbe costretto Vienna a frazionare le proprie forze e a distrarre la sua attenzione dal teatro principale, cioè la Germania.

Nel 1796, passando in rassegna le sue truppe, Napoleone constatò la disorganizzazione materiale e l’indisciplina dell'esercito; il suo compito era quindi quello di vestire, calzare e disciplinare le proprie truppe nel corso stesso della campagna (poiché non la voleva rimandare a nessun costo). C’erano inoltre attriti con i diretti subordinati che non volevano riconoscere Bonaparte come capo, ma questi fece subito comprendere a tutti che non avrebbe tollerato nessuna volontà contrastante alla sua e infine riuscì a ristabilire la disciplina. Napoleone spiegò ai soldati che la guerra doveva alimentare se stessa e interessò personalmente ogni soldato, dimostrandogli che da esso dipendeva lo strappare al nemico tutto il necessario, egli influì così sui suoi soldati semiaffamati e semiscalzi additando loro le ricchezze che li attendevano in Italia.

Tra il 5 e il 9 aprile l’esercito francese passò la catena alpina. Gli erano di fronte gli eserciti austriaco e piemontese disposti a copertura delle strade per il Piemonte e per Genova. Nel primo combattimento presso Montenotte gli Austriaci furono sgominati, e due giorni dopo presso Millesimo lo furono le truppe Piemontesi. Bonaparte proseguì l’azione non permettendo al nemico di riprendersi e costrinse il Piemonte (cioè il Regno di Sardegna) a stipulare una pace separata, per rimanere di fronte ai soli Austriaci. Questo armistizio fu firmato il 28 aprile 1796; il re del Piemonte cedeva a Napoleone due delle sue migliori fortezze, una serie di punti strategici, la Nizza e la Savoia, fu obbligato inoltre a non permettere il passaggio di nessun esercito attraverso il proprio territorio e a non concludere alleanze con nessuno. Dopo nuove vittorie Napoleone respinse gli Austriaci verso il Po. Strada facendo sottomise Parma e le impose dei tributi anche se essa non combatteva i Francesi. Napoleone si avvicinava a Lodi e avrebbe voluto attraversare l’Adda, ma un reparto di 10000 austriaci difendeva questo passaggio importante. Il 10 maggio ci fu la famosa battaglia di Lodi. Venti cannoni austriaci spazzavano a mitraglia tutto ciò che era sul ponte, ma i granatieri guidati da Bonaparte se ne impossessarono e respinsero gli Austriaci, Bonaparte iniziò l’inseguimento e il 15 maggio entrò a Milano: la Lombardia apparteneva ormai alla Repubblica francese. In giugno un reparto francese occupò Livorno, un altro entrò a Bologna e Bonaparte occupò Modena e infine la Toscana, benché essa fosse neutrale nella guerra franco-austriaca. Bonaparte  entrava nelle città e nei villaggi, requisiva tutto ciò che era necessario al suo esercito e oltre al saccheggio diretto dei soldati s’impadroniva anche di armi e opere d’arte. Subito dopo Napoleone assediò Mantova,ma gli Austriaci riuscirono ad entrarvi e a liberarla; Bonaparte riprese l'assedio. L'esercito austriaco uscì dalla città e  respinse vari reparti francesi, Bonaparte allora concentrò tutte le proprie forze e l’urto decisivo avvenne tra il 15 e il 17 novembre presso Arcole. Il ponte d’Arcole fu conquistato per ben tre volte dai Francesi e tre volte perso, ma alla fine Napoleone sconfisse gli Austriaci. Un mese e mezzo dopo, nel gennaio 1797 gli Austriaci si preparavano alla rivincita, si ebbe così una nuova battaglia presso Rivoli, dove Bonaparte sbaragliò l’intero esercito nemico; due settimane dopo Mantova capitolò. Bonaparte si dirigeva così a nord minacciando direttamente i possedimenti degli Asburgo. In primavera l’arciduca Carlo, nuovo comandante dell’esercito austriaco, venne sconfitto e respinto verso il Brennero, dove si ritirò; Vienna era così minacciata dall’invasione francese. La rovina di parecchie tra le migliori armate austriache, la sconfitta dei più grandi generali, la perdita di tutta l’Italia settentrionale, la diretta minaccia alla capitale austriaca: questi furono i risultati del primo anno della campagna. Dopo nuove sconfitte e la ritirata dell’arciduca, l’imperatore d’Austria Francesco chiese di cominciare le trattative di pace.

    A. J. Gros, Napoleone al ponte d'Arcole,
    1796, Parigi, Louvre
 

Ancor prima dell’inizio delle trattative per l’armistizio, Bonaparte organizzò una spedizione contro il Papa Pio VI che continuava ad aiutare gli austriaci. Le truppe papali furono sconfitte, le città si arrendevano e Napoleone s’impadronì di tutti i valori che vi trovava. Pio VI terrorizzato chiese la pace, che venne sottoscritta a Tolentino il 19 febbraio 1797. Il Papa dovette cedere i suoi possedimenti più ricchi e importanti, versare un tributo in oro e consegnare i quadri e le statue migliori e, dopo aver perso tutte le sue migliori terre, si salvò nel Vaticano.

Nello stesso tempo (1796-97) gli Austriaci battevano sul Reno i migliori generali francesi e l’esercito del Reno continuava a chiedere denaro, mentre Bonaparte -con l’orda di indisciplinati straccioni, che aveva trasformato in un temibile e fedele esercito- non chiedeva nulla, ma mandava a Parigi milioni in oro, opere d’arte, conquistava l’Italia, distruggeva un esercito austriaco dopo l’altro e aveva infine costretto l’Austria a chiedere la pace. Così si arrivò all’armistizio di Löben: gli Austriaci cedevano ai Francesi le rive del Reno e i loro possedimenti italiani occupati da Bonaparte,  in cambio veniva promessa loro Venezia.

Dopo l’armistizio di Löben del maggio 1797 fu firmata la pace di Campoformio il 17 ottobre 1797 fra Repubblica Francese e Impero Austriaco, dove Venezia servì da compenso all’Austria per le concessioni che essa fece sul Reno. Tutti capivano che la guerra perduta dagli altri generali sul Reno era stata vinta solo da Bonaparte in Italia e che così si era salvato anche il Reno. Nel frattempo Napoleone organizzò la nuova vassalla "Repubblica Cisalpina", nella quale comprese una parte delle terre conquistate(la Lombardia), una seconda parte delle sue conquiste fu annessa direttamente alla Francia e la terza parte infine -come Roma- fu lasciata ancora per un certo tempo nelle mani dei sovrani precedenti, ma di fatto assoggettata alla Francia. Bonaparte organizzò la Repubblica Cisalpina in modo tale che sotto l’apparenza dell’assemblea consultiva, costituita dagli strati agiati della popolazione, tutto il potere fosse nelle mani del commissario mandato da Parigi. In Italia venne diffusa la versione che il popolo italiano scuoteva l’antico giogo delle oppressioni e prendeva le armi per aiutare i francesi liberatori; ma in realtà non era così e soltanto con "rigorosi esempi" Bonaparte poté tener l’Italia nelle sue mani: egli ordinò ad esempio di massacrare tutta la popolazione di Lugo e di Binasco, di fucilare l’amministrazione del comune di Pavia e di saccheggiare la città e fece infine incendiare i villaggi presso i quali venivano trovati uccisi dei francesi. Si manifestava così la politica di Napoleone: nessuna crudeltà gratuita, ma fiumi di sangue se ciò era politicamente conforme allo scopo. Egli distrusse inoltre ogni traccia di diritti feudali, tolse alle chiese e ai monasteri il diritto di prelevare alcuni tributi e introdusse alcune leggi che avvicinavano la struttura giuridico-sociale dell’Italia a quella francese.

Dopo Campoformio il Direttorio lo richiamò a Parigi, dove lo nominò comandante supremo dell’esercito che doveva operare contro la Gran Bretagna. Bonaparte intuiva che il Direttorio cominciava a temerlo: "Essi si sono affrettati a nominarmi generale dell’esercito contro l’Inghilterra perché vogliono mandarmi via dall’Italia dove sono più sovrano che generale" disse. Il 7 dicembre 1797 arrivò a Parigi dove fu accolto trionfalmente e si mise subito al lavoro per il progetto della nuova grande guerra.